符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3.直接转让土地使用权的。
符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
4.省税务机关规定的其他情况。
纳税人办理土地增值税清算应报送以下资料：
（一）房地产开发企业清算土地增值税书面申请、土地增值税纳税申报表；
（二）项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料；
（三）主管税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
省地税局在转发文件中要求：各级地税部门应将自行清算与重点清算相结合，着重抓好重点纳税户和重点税源的清算工作。对符合清算条件的2007年2月1日前的房地产开发项目，各地应督促房地产开发企业按照《通知》规定，自行清算，并将清算结果于2007年８月30日前报主管税务机关审核，同时申报缴纳应补税款；各级地税部门应在认真审核企业清算情况的基础上，对重点纳税户进行核查，查补税款应在2007年12月31日前入库。对2007年2月1日后的房地产开发项目，应严格按《通知》规定执行。