新的《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（以下简称《暂行条例》）规定，从2007年1月1日起，外商投资企业和外国企业也将纳入土地使用税的征税范围。近期，国家税务总局也发文《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业征收城镇土地使用税问题的批复》（国税函〔2007〕596号）明确了外资企业开征土地使用税不设立过渡期，要求各地对各类企业包括外商投资企业和外国企业，都应严格依照国务院决定和修改后的《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》的有关规定征收城镇土地使用税。因此，在税收减免上，也要求体现统一的税收优惠政策。为此，国税函〔2007〕629号文件将原来针对部分特殊行业制定的一些减免税政策予以废止。
一、取消了一些特殊行业和单位的土地使用税困难减免，并废止了以下相关文件。
1.取消经贸仓库困难减免税。原《国家税务局关于对经贸仓库免缴土地使用税问题的复函》（〔88〕国税地字第032号）文件这次废止。
2.取消物资储运系统困难减免税。原《国家税务局关于对物资储运系统征收土地使用税问题的复函》（〔88〕国税地字第035号）这次废止。
3.取消三线调整企业困难减免税。原《国家税务局关于对三线调整企业征免土地使用税问题的复函》（〔89〕国税地字第130号）这次废止。
4.取消中国物资储运总公司所属物资储运企业困难减免税。原《国家税务局关于中国物资储运总公司所属物资储运企业征免土地使用税问题的通知》（国税函发〔1992〕1272号）这次废止。
5.取消石油企业困难减免税。原《国家税务局关于石油企业生产用地适用税额问题的通知》（国税函发〔1992〕1442号）这次废止。
6.取消国营华侨农场困难减免税。原《国家税务局关于恢复征收国营华侨农场地方税问题的通知》（国税函发〔1990〕1117号）这次废止。
7.取消核工业总公司所属企业困难减免税。原《国家税务局关于对核工业总公司所属企业征免土地使用税问题的若干规定》（〔89〕国税地字第007号）中第三条规定这次废止。即：企业纳税确有困难要求照顾的，可根据《暂行条例》第七条的规定，由企业向所在地的税务机关提出减免税申请，经省、自治区、直辖市税务局审核后，报我局核批。
8.取消了电力行业困难减免税。原《国家税务局对〈关于请求再次明确电力行业土地使用税征免范围问题的函〉的复函》（〔89〕国税地字第044号）第三条规定这次废止。即：纳税有困难的，由省、自治区、直辖市税务局审核后，报国家税务局批准减免。
9.取消煤炭行业困难减免税。原《国家税务局关于对煤炭企业用地征免土地使用税问题的规定》（〔89〕国税地字第089号）第三条规定这次废止。即：煤炭企业的报废矿井占地，经煤炭企业申请，当地税务机关审核，可以暂免征收土地使用税。第六条规定，煤炭企业依照上述规定缴纳土地使用税，确实仍有困难，按照《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第七条的规定办理。
10.取消了交通部门的港口用地困难减免税。原《国家税务局关于对交通部门的港口用地征免土地使用税问题的规定》（〔89〕国税地字第123号）第二条规定这次废止。即：对港口的露天堆货场用地，原则上应征收土地使用税，企业纳税确有困难的，可由省、自治区、直辖市税务局根据其实际情况，给予定期减征或免征土地使用税的照顾。
11.取消了房地产行业困难减免税。原《国家税务局关于印发〈关于土地使用税若干具体问题的补充规定〉的通知》（〔89〕国税地字第140号）第六条规定这次废止。即：房地产开发公司建造商品房的用地，原则上应按规定计征土地使用税。但在商品房出售之前纳税确有困难的，其用地是否给予缓征或减征、免征照顾，可由各省、自治区、直辖市税务局根据从严的原则结合具体情况确定。关于取消房地产行业的土地使用税减免税，其实国家税务总局早在2004年下半年就已经明确，《国家税务总局关于进一步加强城镇土地使用税和土地增值税征收管理工作的通知》（国税发〔2004〕100号）规定，除经批准开发建设经济适用房的用地外，对各类房地产开发用地一律不得减免城镇土地使用税。据此分析，经批准开发建设经济适用房的用地，应仍然可以按规定减免土地使用税。
12.取消了在建项目困难减免税。原《国家税务局关于印发〈关于土地使用税若干具体问题的补充规定〉的通知》（〔89〕国税地字第140号）第四条规定这次废止。即：对基建项目在建期间使用的土地，原则上应照章征收土地使用税。但对有些基建项目，特别是国家产业政策扶持发展的大型基建项目占地面积大，建设周期长，在建期间又没有经营收入，为照顾其实际情况，对纳税人纳税确有困难的，可由各省、自治区、直辖市税务局根据具体情况予以免征或减征土地使用税。
二、保留了上述部分特殊行业和单位的减免税优惠。
1.保留了核工业总公司所属企业部分减免税。《国家税务局关于对核工业总公司所属企业征免土地使用税问题的若干规定》（〔89〕国税地字第007号）规定，对生产核系列产品的厂矿，为照顾其特殊情况，除生活区、办公区用地应依照规定征收土地使用税外，其他用地暂予免征土地使用税。而对除生产核系列产品厂矿以外的其他企业，如仪表企业、机械修造企业、建筑安装企业等，应依照规定征收土地使用税。
2.保留了电力行业部分减免税。《国家税务局关于电力行业征免土地使用税问题的规定》（〔89〕国税地字第013号）规定，对厂区围墙外的灰场、输灰管、输油（气）管道、铁路专用线用地，免征土地使用税；厂区围墙外的其他用地，应照章征税。对水电站的发电厂房用地（包括坝内、坝外式厂房），生产、办公、生活用地，照章征收土地使用税；对其他用地给予免税照顾。对供电部门的输电线路用地、变电站用地，免征土地使用税。《国家税务局对〈关于请求再次明确电力行业土地使用税征免范围问题的函〉的复函》（〔89〕国税地字第044号）规定，水库库区用地，属于“其他用地”的范围，免征土地使用税。火电厂厂区外的水源用地以及热电厂供热管道用地，可以比照上面文件的有关规定，免征土地使用税。
3.保留了煤炭企业部分减免税。《国家税务局关于对煤炭企业用地征免土地使用税问题的规定》（〔89〕国税地字第089号）对中国统配煤矿总公司、东北内蒙古煤炭工业联合公司所属的煤炭企业征免土地使用税问题规定如下：煤炭企业的矸石山、排土地用地，防排水沟用地，矿区办公、生活区以外的公路、铁路专用线及轻便道和输变电线路用地，火炸药库库房外安全区用地，向社会开放的公园及公共绿化带用地，暂免征收土地使用税。煤炭企业的塌陷地、荒山，在未利用之前，暂缓征收土地使用税。但《财政部国家税务总局关于煤炭企业未利用塌陷地城镇土地使用税政策的通知》（财税〔2006〕74号）规定，对位于城镇土地使用税征收范围内的煤炭企业已取得土地使用权、但未利用的塌陷地，自2006年9月1日起恢复征收城镇土地使用税。
4.保留了交通部门的港口用地部分减免税。《国家税务局关于对交通部门的港口用地征免土地使用税问题的规定》（〔89〕国税地字第123号）规定，对港口的码头（即泊位，包括岸边码头、伸入水中的浮码头、堤岸、堤坝、栈桥等）用地，免征土地使用税。
三、这次政策调整，除了土地使用税政策外，还涉及其他地方税种的减免税调整，并废止了以下相关文件。
1.《国家税务局关于邮电部门所属企业恢复征收房产税问题的通知》（国税发〔1991〕036号）。
2.《国家税务局对〈关于中、小学校办企业征免房产税、土地使用税问题的请示〉的批复》（〔89〕国税地字第081号）。
3.《国家税务局关于对特种储备资金不征印花税问题的通知》（〔89〕国税地字第018号）。
4.取消了微利、亏损企业分次缴纳印花税优惠。原《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》（国税地字〔1988〕第025号）中第二十条这次取消。