据了解，我国把出口卷烟作为一种特殊的商品进行严格管理。在税收上，卷烟与一般出口商品不同，卷烟出口企业出口卷烟，只有获得免税出口卷烟计划，才能享受免征增值税、消费税的待遇，并且不能享受出口退税的待遇。免税出口卷烟计划由国家税务总局编制、下达。
云南省是我国烟草生产大省，也是卷烟出口大省。近年来，我国每年出口卷烟在200万箱左右，云南出口卷烟为30万箱左右，占全国的15％。云南省国税局进出口税收管理处负责人介绍，由于卷烟出口税收政策的不同，国家对卷烟出口制定了专门的税收管理办法，以防止企业利用免税政策逃避税收。企业出口国家非限制性出口的货物，一般都能获得按国家规定的出口退税率计算的出口退税。卷烟出口则不同，计划内出口只能享受免征增值税、消费税的待遇，而不能享受出口退税的待遇。出口计划外的卷烟生产环节照章征收增值税、消费税，出口一律不退税。
这位负责人告诉记者，以前卷烟出口经营模式比较单一，基本上只有卷烟出口企业收购出口一种模式，相应的出口卷烟税收管理模式也只有一种模式。企业办理免税核销的一般程序是：出口企业向卷烟厂购进卷烟时，先向当地主管退税的税务机关申报办理进料“准予免税购进出口卷烟证明”，然后转交卷烟厂，由卷烟厂向主管征税的税务机关申报办理免税手续；主管卷烟厂征税的税务机关按照“准予免税购进出口卷烟证明”所列的品种、规格、数量核准免税；出口企业将免税购进的出口卷烟出口后，凭出口报关单（出口退税联）、收汇核销单、出口发票按月向主管退税的税务机关办理核销手续。
近年来，随着国家烟草行业进出口管理体制的改革和完善，卷烟出口经营模式发生了变化，产生了卷烟出口企业收购出口、卷烟出口企业自产卷烟出口、卷烟生产企业将自产卷烟委托卷烟出口企业出口3种经营模式。国内16家卷烟出口企业中，中国烟草上海进出口有限责任公司等6家企业采取购进卷烟出口的经营模式，湖南中烟工业公司等7家企业采取自产卷烟出口的经营模式，深圳烟草进出口有限公司等3家企业则采取委托出口的经营模式。
国家税务总局《关于调整出口卷烟税收管理办法的通知》，针对上述3种不同的卷烟出口经营模式，制定了不同的税收管理办法。
对于卷烟出口企业购进卷烟出口，《关于调整出口卷烟税收管理办法的通知》规定，卷烟出口企业购进卷烟出口的，卷烟生产企业将卷烟销售给出口企业时，免征增值税、消费税，出口卷烟的增值税进项税额不得抵扣。卷烟出口企业办理免税核销的规定为，卷烟出口企业应在免税卷烟报关出口次月起4个月的申报期内，向退税机关办理出口卷烟的免税核销手续。办理免税核销时应提供出口卷烟免税核销申报表、出口货物报关单、出口收汇核销单、出口发票、出口合同以及出口卷烟已免税证明等材料。退税机关对卷烟出口企业的免税核销申报进行审核，对经审核符合免税出口卷烟有关规定的准予免税核销。退税机关按月对卷烟出口企业未在规定期限内申报免税核销以及经审核不予免税核销的情况，填写《出口卷烟未申报免税核销及不予免税核销情况表》，并将该表及《出口卷烟免税核销审批表》传递给主管卷烟出口企业征税的税务机关，由其对卷烟出口企业未在规定期限内申报免税核销以及经审核不予免税核销的出口卷烟按照有关规定补征税款。
对于卷烟生产企业按出口计划直接出口自产卷烟的，《关于调整出口卷烟税收管理办法的通知》规定，免征增值税、消费税，出口卷烟的增值税进项税额不得抵扣。卷烟生产企业办理免税核销的程序与卷烟出口企业购进卷烟出口的程序差不多，只是提交的材料有所区别。
对于卷烟生产企业委托卷烟出口企业按出口计划出口自产卷烟，《关于调整出口卷烟税收管理办法的通知》规定，在委托出口环节免征增值税、消费税，出口卷烟的增值税进项税额不得抵扣。卷烟生产企业办理免税核销，须先由卷烟出口企业在卷烟出口之日起60日内，向退税机关申请开具《代理出口货物证明》，其余程序与卷烟出口企业购进卷烟出口的程序基本一致。