为进一步规范和加强稽核异常增值税专用发票审核检查工作，国家税务总局组织开发了通用税务异地信息协作平台增值税专用发票审核检查子系统，系统将自2008年4月1日起投入运行。
自2008年4月1日起，稽核系统产生的稽核异常专用发票数据统一导入核查子系统，各地要利用核查子系统进行数据传递、异地协查和报表统计上报等审核检查工作。
国家税务总局要求各地必须在2008年6月30日前通过协查系统（2.0版）完成2008年4月1日前稽核系统产生的稽核异常专用发票的协查工作。自2008年6月起，协查系统（2.0版）停止运行。