《中华人民共和国海关保税核查办法》已于2008年3月10日经海关总署署务会议审议通过，并将自2008年6月1日起施行。
《核查办法》规定，海关自保税加工企业向海关申请办理保税加工业务备案手续之日起至海关对保税加工手册核销结案之日止，或者自实施联网监管的保税加工企业电子底账核销周期起始之日起至其电子底账核销周期核销结束之日止，可以对保税加工货物以及相关的保税加工企业开展核查。
《核查办法》规定，海关对保税加工企业开展核查的，应当核查以下内容：
（一）保税加工企业的厂房、仓库和主要生产设备以及法定代表人、主要负责人等企业基本情况与备案资料是否相符；
（二）保税加工企业账册设置是否规范、齐全；
（三）保税加工企业出现分立、合并或者破产等情形的，是否依照规定办理海关手续；
（四）保税加工企业开展深加工结转、外发加工业务的，是否符合海关对深加工结转或者外发加工条件和生产能力的有关规定。
海关对保税加工货物开展核查的，应当核查以下内容是否与实际情况相符：
（一）保税加工企业申报的进口料件和出口成品的商品名称、商品编码、规格型号、价格、原产地、数量等情况；
（二）保税加工企业申报的单耗情况；
（三）保税加工企业申报的内销保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、价格、数量等情况；
（四）保税加工企业申报的深加工结转以及外发加工货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；
（五）保税加工企业申请放弃的保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；
（六）保税加工企业申报的受灾保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量、破损程度以及价值认定等情况；
（七）保税加工企业的不作价设备的名称、数量等情况。