为进一步做好鼓励类投资项目审批工作，海关总署、国家发展和改革委员会日前联合发布关于内外资鼓励项目免税确认审批有关问题的通知(署税发[2009]290号)（以下简称《通知》），对进出口鼓励类项目的免税确认审批问题进行了明确。
据悉，按照国务院“三定”方案的规定，《产业结构调整指导目录》和《外商投资产业指导目录》由国家发展改革委牵头拟定。为此，两部门在《通知》中明确了以下几个基本原则：
一是省级项目审批部门在审批（核准）内外资投资项目和出具《项目确认书》过程中，承担审核有关投资项目是否适用鼓励类产业条目的职责。海关作为鼓励类内外资投资项目项下进口设备的减免税审批部门，负有配合省级项目审批部门共同严格把关，正确执行国家进口税收政策的职责。
二是内外资投资项目所在地直属海关（或其授权的隶属海关）应凭省级项目审批部门出具的《项目确认书》受理相关投资项目的减免税申请。对于因产业条目内容表述不清晰容易产生争议或者海关认为有关项目适用鼓励类产业条目存在明显不当的，直属海关应当主动与省级项目审批部门联系沟通，如果省级项目审批部门认为适用产业条目正确的，应当上报国家发展改革委申请确认，并将上报文件抄送项目所在地直属海关。国家发展改革委向省级项目审批部门回复有关投资项目是否适用鼓励类产业条目意见的同时，将相关意见抄送项目所在地直属海关。海关根据国家发展改革委的确认意见，决定是否办理有关内外资项目的减免税备案、审批手续。
三是对于海关已经根据省级项目审批部门出具的《项目确认书》办理了减免税备案、审批手续的内外资投资项目，经审计部门检查或海关系统自查后提出有关投资项目适用鼓励类产业条目质疑的，按照上述第二条的有关规定办理。经国家发展改革委审核确认有关投资项目不适用鼓励类产业条目的，海关凭国家发展改革委的确认意见停止受理有关投资项目的减免税申请，同时根据相关法律法规的规定补征已减免税进口货物的税款。
四是海关在根据省级项目审批部门出具的《项目确认书》办理相关内外资投资项目的减免税备案、审批手续时，应当加强对投资项目是否适用相关鼓励类产业条目的审核；如有疑问，应及时与省级项目审批部门进行沟通，尽量避免事后再对已经办理减免税备案、审批手续的投资项目是否适用鼓励类产业条目的问题提出质疑。
对于省级项目审批部门出具《项目确认书》经常出现适用鼓励类产业条目差错、拆分项目、超权限审批或者违反规定擅自下放《项目确认书》出具权限的，《通知》规定，国家发展改革委按照有关规定暂停有关省级项目审批部门出具《项目确认书》的权限，并视其整改情况决定是否恢复。
链接：关于鼓励类产业目录
根据国务院关于发布实施《促进产业结构调整暂行规定》的决定（国发[2005]40号）的规定，《产业结构调整指导目录》由发展改革委会同国务院有关部门依据国家有关法律法规制订，经国务院批准后公布。根据实际情况，需要对《产业结构调整指导目录》进行部分调整时，由发展改革委会同国务院有关部门适时修订并公布。
《产业结构调整指导目录》原则上适用于我国境内的各类企业。其中外商投资按照《外商投资产业指导目录》执行。《产业结构调整指导目录》是修订《外商投资产业指导目录》的主要依据之一。《产业结构调整指导目录》淘汰类适用于外商投资企业。《产业结构调整指导目录》和《外商投资产业指导目录》执行中的政策衔接问题由发展改革委会同商务部研究协商。
《产业结构调整指导目录》由鼓励、限制和淘汰三类目录组成。不属于鼓励类、限制类和淘汰类，且符合国家有关法律、法规和政策规定的，为允许类。允许类不列入《产业结构调整指导目录》。
鼓励类主要是对经济社会发展有重要促进作用，有利于节约资源、保护环境、产业结构优化升级，需要采取政策措施予以鼓励和支持的关键技术、装备及产品。按照以下原则确定鼓励类产业指导目录：
（一）国内具备研究开发、产业化的技术基础，有利于技术创新，形成新的经济增长点；
（二）当前和今后一个时期有较大的市场需求，发展前景广阔，有利于提高短缺商品的供给能力，有利于开拓国内外市场；
（三）有较高技术含量，有利于促进产业技术进步，提高产业竞争力；
（四）符合可持续发展战略要求，有利于安全生产，有利于资源节约和综合利用，有利于新能源和可再生能源开发利用、提高能源效率，有利于保护和改善生态环境；
（五）有利于发挥我国比较优势，特别是中西部地区和东北地区等老工业基地的能源、矿产资源与劳动力资源等优势；
（六）有利于扩大就业，增加就业岗位；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
对鼓励类投资项目，按照国家有关投资管理规定进行审批、核准或备案；各金融机构应按照信贷原则提供信贷支持；在投资总额内进口的自用设备，除财政部发布的《国内投资项目不予免税的进口商品目录（2000年修订）》所列商品外，继续免征关税和进口环节增值税，在国家出台不予免税的投资项目目录等新规定后，按新规定执行。对鼓励类产业项目的其他优惠政策，按照国家有关规定执行。