办法提到，申请采用网上报税方式的纳税人，需持税务登记证副本原件和《增值税一般纳税人网上报税方式备案表》到主管税务机关办理备案手续。备案手续要求在1个工作日内办理完毕。纳税人办理完网上报税备案手续后，取得由主管税务机关提供的注册码，即可采用网上报税方式进行网上抄报税。
办法指出，有下列情形之一的，纳税人必须到主管税务机关的办税服务厅办理报税事宜，其工作程序与原申报程序一致：辅导期一般纳税人；逾期申报；办理延期申报或缓缴税款；非政策原因无法通过“一窗式”票表稽核；有同一属期多次申报等非正常申报情况；因计算机、网络故障等原因不能进行网上报税；税务机关规定的其它情形。
办法同时明确了资料与数据管理问题。其中，网上报税受理成功的纳税人需使用网上申报系统软件打印符合《深圳市增值税一般纳税人纳税申报办法》要求的申报资料一式两份，经法人代表签字并盖章确认，于申报的当月报送税务机关。网上报税受理岗负责核对纳税人的纸质申报资料后接收。