规程指出，已办理出口货物退（免）税资格认定的纳税人，其认定内容发生变化的，须自有关管理机关批准变更之日起30日内，持相关证件向主管税务机关申请办理出口货物退（免）税资格变更手续。纳税人发生解散、破产、撤销等依法应当办理注销税务登记的，应首先注销其出口货物退（免）税资格认定，再办理注销税务登记；发生其他依法应终止出口货物退（免）税资格认定事项但不需要注销税务登记的，应在有关机关批准或者宣告终止之日起15日内，持相关证件、资料向办税服务厅申请办理出口货物退（免）税资格注销手续。纳税人应在注销出口退（免）税资格认定之前，经税务机关进行清算，办结出口退税相关事宜。
规程提到，纳税人可采用上门申报和网上申报两种方式进行出口货物退（免）税申报。申报凭证包括：出口发票（生产企业提供）、增值税专用发票和消费税税收（出口货物专用）缴款书（外贸企业提供）；出口货物报关单（出口退税专用）和代理出口货物证明（有代理业务的提供）；出口收汇核销单（出口退税专用）（准予在210天内提交出口收汇核销单的，可在规定的时间内提交）或远期收汇备案证明（进行外汇管理改革的试点地区企业申报时不需提供纸质出口收汇核销单）。
关于出口货物退（免）税有关证明的开具，规程明确，申请代理出口货物证明须提交：申报系统生成的《关于申请出具〈代理出口证明〉的报告》及电子数据；出口货物报关单（出口退税联）及复印件；代理出口协议副本及复印件；国税机关要求提供的其他资料。出口企业代理其他企业出口后，除另有规定者外，须在自货物报关出口之日起60天内凭上述资料向主管税务机关申请开具《代理出口货物证明》，并及时转给委托出口企业。
申请出口商品退运已补税证明或出口货物退运已办结税务证明须提交：申报系统生成的企业申请报告及电子数据；出口货物报关单（出口退税专用）；出口收汇核销单（出口退税专用）（进行外汇管理改革的试点地区企业申报时不需提供纸质出口收汇核销单）；出口发票；税收通用缴款书（出口货物已退税的企业提供）；国税机关要求提供的其他资料。
申请出口货物转内销证明须提交：申报系统生成的企业证明申请及电子数据；销售货物的增值税专用发票；退运已补税证明企业留存联原件及复印件（退运货物转内销）；进货分批申报单企业留存联原件及复印件（分批单结余货物转内销）；国税机关要求提供的其他资料。
申请出具《补办出口货物报关单证明》须提交：申报系统生成的《关于申请出具〈补办出口货物报关单证明〉的报告》及电子数据；出口货物报关单（其他未丢失的联次）；出口发票；国税机关要求提供的其他资料。
申请出具《补办出口收汇核销单证明》须提交的资料（进行外汇管理改革的试点地区企业不需申请）：申报系统生成的《关于申请出具（补办出口收汇核销单证明）的报告》及电子数据；出口发票；国税机关要求提供的其他资料。
申请代理出口货物未退税证明须提交：报系统生成的《关于申请出具〈代理出口货物未退税证明〉的报告》及电子数据；受托方主管国税机关已加盖"已办代理出口货物证明"戳记的出口货物报关单（出口退税专用）；出口收汇核销单（出口退税专用）（进行外汇管理改革的试点地区企业申报时不需提供纸质出口收汇核销单）；代理出口协议（合同）副本及复印件；国税机关要求提供的其他资料。
申请补办代理出口证明须提交：申报系统生成的企业证明申请及电子数据；代理出口货物的出口货物报关单（出口退税专用）原件及复印件；代理出口货物的出口收汇核销单（出口退税专用）原件及复印件（协议规定由委托方收汇的除外，进行外汇管理改革的试点地区企业申报时不需提供纸质出口收汇核销单）；代理出口协议（合同）副本原件及复印件；出口销售发票原件及复印件或出口销售明细账；委托企业主管国税机关出具的《代理出口货物未退税证明》；国税机关要求提供的其他资料。
申请出口进货分批申报单须提交：申报系统生成的进货分批申报单申请及电子数据；申请分割的专用税票及其专用发票（抵扣联）原件及复印件；对分批单进行再分割的，需提供上次开具的分批单企业留存联原件；国税机关要求提供的其他资料。