规程适用于在深圳市内生产经营的工业企业总、分支机构增值税汇总申报业务的申请审批和管理。未被汇总的非独立法人的二级或三级地区分公司对其下一级分支机构申请增值税汇总申报也适用该规程。同一总机构既有工业性质的分支机构又有商业性质的分支机构，只能选择依据规程的规定申请工业企业总、分支机构增值税汇总申报，或选择依据《关于印发<商业企业总、分支机构增值税汇总申报工作规程>的通知》（）的规定申请商业企业总、分支机构增值税汇总申报。
规程指出，申请汇总申报增值税的工业企业，应同时符合：总、分支机构实行统一采购、统一销售、统一核算，各分支机构在总机构领导下统一生产经营。总、分支机构的行业类型为工业性质或总机构为管理机构，分支机构为工业性质。总机构为增值税一般纳税人。总机构能够正确提供税款分配比例的计算依据。总机构为实行“免、抵、退”税管理办法的企业或符合下列任一条件的其他企业：总、分支机构上一年度增值税入库税款合计超过500万元；总、分支机构上一年度申报的全部销售收入合计金额超过5亿元。截至申请受理日总、分支机构不存在税务机关根据征管需要而设定的监控情形，具体包括：欠税；法定代表人（负责人）担任非正常户的法定代表人（负责人）；未结案的违法违章案件。
规程明确，依据直接反映企业经营管理情况的关键指标计算总、分支机构的增值税税款分配比例（下称“税款分配比例”）。参与计算的指标包括：总机构、固定资产、应付职工薪酬、水电费支出，四项指标的权重依次为25%、25%、25%、25%。
规程最后强调，申请被汇总申报的分支机构为小规模纳税人的，经审批核准后，系统将自动赋予其增值税一般纳税人资格。汇总申报单位办理增值税纳税申报时，由总机构统一进行增值税申报，各被汇总单位不需单独申报。已批准汇总申报的纳税人所用发票的领购、缴销、发票认证等管理工作统一由总机构负责办理，各被汇总单位不得向税务机关申请领购或代开发票。已批准汇总申报的纳税人需办理免抵退税业务的，其免抵退税的申报工作统一由总机构办理。已批准汇总申报的纳税人需办理增值税退税业务的，退税申请的受理和审核工作由总机构主管税务机关负责，属于误收退税、减免退税、即征即退的应退税额，按照税款分配比例对总、分支机构的已入库税款分别办理应退、应抵税额。已批准汇总申报的纳税人，其税务检查工作统一由总机构主管税务机关负责。已批准汇总申报的纳税人，总机构办理注销税务登记的，必须依照规程的规定取消总、分支机构的汇总申报资格。汇总申报的纳税人其他日常税收管理工作，统一由总机构所在地税务机关负责。