办法指出，在实施办法之前，国税机关应通知纳税人作如下账务调整：将应交增值税“期初留抵税额”全部结转到应交增值税（待抵扣进项税额）；从应交增值税（待抵扣进项税额）转入应保留的前期已正式申报未退货物的农产品税额；从应交增值税（待抵扣进项税额）转入应保留的期初非农产品进项税额；对前期已出口但未正式申报的出口货物，作征、退税率差进项税额转出。
期初账务调整完成后，国税机关应督促纳税人进行存货的实物盘存，确认其存货应保留的待抵扣税金，对超出实际库存的待抵扣税金，作转出处理。
税源管理科（所、分局）应结合农产品季节性收购的特点，对纳税人的存货实行定期盘存制度。对账实不符、存货金额与待抵扣进项税额不相符的，国税机关应查明原因，要求纳税人作相应的账务调整。