办法所称税务行政处罚自由裁量权，是指全省各级国税机关根据法律、法规或者规章的规定，对税务行政管理相对人的具体违法行为，依法确定是否给予行政处罚、给予行政处罚的种类及幅度的权限。凡依法由全省各级国家税务局、分局（所）和各级国家税务局稽查局（下称国税机关）对税务行政管理相对人进行行政处罚，涉及行使自由裁量权的，适用该办法。
涉及自由裁量权行使的税务行政处罚种类有：罚款；没收违法所得、没收非法财物；停止出口退税权。法律、法规规定的税务行政处罚“可以处”的，国税机关可选择适用；规定应“并处”的，不得选择适用。
除依法可当场作出的税务行政处罚外，国税机关发现税务行政管理相对人有依法应给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据，包括对税务行政相对人的违法行为应当从轻、减轻、不予处罚的证据。
调查终结后，调查人员应制作调查报告，根据违法行为性质、情节以及危害程度等因素，按照法律、法规、有关规章、办法规定的《执行标准》，提出税务行政处罚建议，并按下列规定处理：对拟处罚建议为2000元（不含）以上罚款的行政处罚和其他形式的行政处罚，调查人员应按业务范围分工依照“谁的业务谁审查”的原则将调查结果及拟作出的处罚决定报本单位负责管理该项业务的部门、稽查案件报稽查局审理部门（下称审查部门）进行合法性审查。拟处罚建议为罚款金额在2000元（含）以下且在《执行标准》规定幅度范围之内的税务行政处罚，由税务分局（所）采取集体会议等形式进行合法性审查。稽查案件报稽查局审理部门进行合法性审查。依法可当场作出行政处罚决定的可在事后报所属国税机关备案。
税务行政管理相对人有下列情形之一的，不予行政处罚：违法行为显著轻微并及时纠正，且没有造成危害后果的；违法行为系自然灾害等不可抗力因素造成的；按照相关规定进行自查自纠补缴未缴或者少缴税款的；法律、法规规定的其他不予行政处罚的行为。对税务行政管理相对人的同一税务违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。
对以下情形的自由裁量权行使，应提交本单位法规部门合法性审查：除《执行标准》中列明“可不予处罚”的情形外，对拟作出的其他不予税务行政处罚的决定；作出的税务行政处罚决定与《执行标准》不一致的；审查部门与调查部门有明显意见分歧的案件；税务分局（所）、稽查局认为需要提交的其他涉及自由裁量权行使的税务处罚案件；适用办法及《执行标准》进行处罚显失公平的案件。
各级国税机关审查部门收到案卷材料后，应对税务违法行为的事实、证据、处罚依据、程序和和对拟作出的处罚建议是否适当等进行审查，提出审查意见报本级国税机关负责人审批作出处理决定。对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，国税机关的负责人应当集体讨论决定。
当事人在税务违法行为接受税务稽查进驻检查期间自行申报、补缴检查所属期间未缴或者少缴税款的行为不属于不予税务行政处罚的情形。
办法的《执行标准》中规定的责令限改期限应根据税务行政管理相对人的具体违法情节和改正的条件适当作出，一般情况下应规定在3日至10日内，但最长不得超过15日；特殊情况的责令限改期限可适当延长，但须经本级国税机关负责人审批且不得超过30日。
除涉及国家机密、商业秘密、个人隐私、公民举报等资料应当保密的外，实施税务行政处罚的对象及其违法行为、处罚程序、依据、决定等应当公开、透明。各级国税机关应当充分利用各种政务公开渠道，公布已经生效的税务违法案件及行政处罚决定和法律救济途径等情况，接受社会监督。
各级国税机关应加强对本机关和下级国税机关行使税务行政处罚自由裁量权情况的监督检查，发现问题及时予以纠正。对滥用税务行政处罚自由裁量权的行为，要依照有关法律、法规以及税收执法责任制的规定追究相关人员的责任。