根据《国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的通知》（国税发[2008]28号以下简称《办法》）、《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号）以及《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）精神，建筑企业（指居民企业，下同）总、分支机构跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）经营时，其应缴纳的企业所得税实行总机构统一计算、总分支机构分别缴纳（预缴）的办法，并从
1、税款缴纳原则。实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”原则计算缴纳企业所得税，其中：
“统一计算”：是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
“分级管理”：是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
“就地预缴”：是指是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
“汇总清算”：是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
“财政调库”：是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方金库。
2、分级预缴办法。
（1）总机构和具有主体经营职能的二级分支机构，就地分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构，即：建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部和跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算缴纳企业所得税。
（2）总机构只设跨地区项目部或既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按计算总、分支机构应缴纳的税款。
（3）总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
（4）总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照《办法》第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
3、不能就地预缴税款的分支机构。
（1）具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，不能视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
（2）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
（3）上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
（4）新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
（5）撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。
（6）企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。