新的《税务稽查工作规程》在制订上遵从了有关法律、法规，具有严格的合法性。从制订该稽查规程的初衷来看，其中一个很重要的目的，就是要通过详细规范税务稽查工作，切实保护纳税人、扣缴义务人和纳税担保人的相关权益，力求避免涉税纠纷，减少税企矛盾。因此，纳税人必须全面了解和掌握纳税人、扣缴义务人和纳税担保人应当享有的相关权益，以便在应对税务稽查过程中，切实维护自身利益。
新的《税务稽查工作规程》对纳税人、扣缴义务人和纳税担保人权益的保护，主要体现在如下几个方面：
一、履行保密责任
税务稽查人员应当依法为纳税人、扣缴义务人的商业秘密、个人隐私保密。但是，纳税人、扣缴义务人的税收违法行为不属于保密范围。
二、强调依法取证
税务稽查人员调查取证时，不得违反法定程序收集证据材料；不得以偷拍、偷录、窃听等手段获取侵害他人合法权益的证据材料；不得以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取证据材料。
三、负有通知义务
稽查局在对纳税人、扣缴义务人、纳税担保人采取行动或措施时，应当通知当事人。
稽查局在检查前，应当告知被查对象检查时间、需要准备的资料等，但预先通知有碍检查的除外。检查应当由两名以上检查人员共同实施，并向被查对象出示税务检查证和《税务检查通知书》。
调取账簿、记账凭证、报表和其他有关资料时，应当向被查对象出具《调取账簿资料通知书》。
税务稽查人员在对有关人员进行询问时，应当由两名以上检查人员实施。除在被查对象生产、经营场所询问外，应当向被询问人送达《询问通知书》。
稽查局采取税收保全措施时，应当向纳税人送达《税收保全措施决定书》。
解除税收保全措施时，应当向纳税人送达《解除税收保全措施通知书》，告知其解除税收保全措施的时间、内容和依据，并通知其在限定时间内办理解除税收保全措施的有关事宜。
检查结束前，检查人员可以将发现的税收违法事实和依据告知被查对象；必要时，可以向被查对象发出《税务事项通知书》，要求其在限期内书面说明，并提供有关资料；被查对象口头说明的，检查人员应当制作笔录，由当事人签章。
稽查局拟对被查对象或者其他涉税当事人作出税务行政处罚的，应当向其送达《税务行政处罚事项告知书》。
稽查局作出税务处理决定的，应当向当事人依法下达《税务处理决定书》。
稽查局作出税务行政处罚决定的，应当向当事人依法下达《税务行政处罚决定书》。
被查对象或者其他涉税当事人对稽查局作出的决定要求听证的，稽查局应当依法组织听证。听证主持人由审理人员担任。稽查局应当在收到当事人听证要求后15日内举行听证，并在举行听证的7日前将《税务行政处罚听证通知书》送达当事人，通知当事人举行听证的时间、地点、听证主持人的姓名及有关事项。
经检查认为没有税收违法行为的，稽查局应当向当事人依法下达《税务稽查结论》。
稽查局对被执行人采取强制执行措施时，应当向被执行人送达《税收强制执行决定书》，告知其采取强制执行措施的内容、理由及依据，并告知其依法申请行政复议或者提出行政诉讼的权利。
稽查局拍卖、变卖被执行人商品、货物或者其他财产前，应当向当事人依法下达《拍卖/变卖抵税财物决定书》。
稽查局拍卖、变卖被执行人商品、货物或者其他财产后，应当在结算并收取价款后3个工作日内，办理税款、滞纳金、罚款的入库手续，并依法向被执行人送达《拍卖/变卖结果通知书》。
以拍卖或者变卖所得抵缴税款、滞纳金、罚款和拍卖、变卖费用后，尚有剩余的财产或者无法进行拍卖、变卖的财产的，稽查局应当拟制《返还商品、货物或者其他财产通知书》，附《返还商品、货物或者其他财产清单》，送达被执行人，并自办理税款、滞纳金、罚款入库手续之日起3个工作日内退还被执行人。