近日，全国首例对非居民个人间接转让中国境内企业股权追征个人所得税1368万元在深圳市地税局入库，从而结束了长达半年跨境税款追踪，实现了非居民个人在境外直接转让母公司股权，间接转让境内子公司股权征税个案突破，为拓宽反避税视角作出了有益探索。
据悉，某香港商人在港注册一家典型“壳公司”，注册资本仅有1万港币。2000年该公司作为投资方在深圳注册一家法人企业，专门从事物流运输，同时置办大量仓储设施。经过近10年的经营，子公司已经形成品牌企业，经营前景看好，而且由于房地产市场一直处于上升趋势，公司存量物业市场溢价很大。2010年，该港商在境外将香港公司转让给新加坡某公司，深圳公司作为子公司一并转让，转让价格2亿多元。
对于港商个人取得的转让收益是否征税，税企之间存在很大分歧。经过反复调查和多次取证，深圳市地税局认为本案转让标的为香港公司和深圳公司，标的物业为深圳公司的资产，转让价格基础是深圳公司资产市场估价。鉴于香港公司在港无实质性经营业务，其转让溢价应大部分归属深圳公司资产增值。这种形式上直接转让香港公司股权，实质上是间接转让深圳公司股权，存在重大避税嫌疑。经请示税务总局，决定对其追征税款。