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为规范上海市营业税改征增值税试点工作中有关发票管理的相关事项，上海市国税局、市地税局联合发布《上海市国家税务局、上海市地方税务局关于规范营业税改征增值税试点工作发票管理相关事项的公告》（上海市国家税务局、上海市地方税务局公告2012年第2号），自2012年1月1日起施行。

公告明确，自2012年1月1日起，一般纳税人提供货物运输服务统一使用货物运输业增值税专用发票和普通发票；不得开具公路、内河货物运输业统一发票，包括不得开具红字公路、内河货物运输业统一发票。

对2011年12月31日前，试点纳税人提供改征增值税的营业税应税服务并开具发票后，需开具红字发票的，应开具红字普通发票，不得开具红字增值税专用发票和增值税普通发票。对于需重新开具的，应开具普通发票，不得开具专用发票。

在2012年3月31日前可继续使用上海市地方税务局监制的普通发票的规定，不适用增值税一般纳税人；但对认定为从事货物运输的一般纳税人、并开具给个人的，可继续使用普通发票。

此外，根据财税[2011]111号文件规定，接受的旅客运输服务的进项税额不得从销项税额中抵扣，因此，对经营旅客运输服务的一般纳税人，可开具增值税普通发票或《上海市国家税务局通用机打发票》。

关于代开发票的问题，公告指出，小规模纳税人需申请代开增值税专用发票的，按现行规定办理。涉及个体工商户和其他个人的，在起征点调整后规定如下：其销售额、营业额未达到国务院财政、税务主管部门规定的增值税起征点的，属于免征增值税范围，适用免税规定的，不得开具增值税专用发票，只能申请代开《税务机关代开统一发票》。小规模纳税人（指个体工商户和其他个人）依照《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定可以选择放弃免税，缴纳增值税，在向主管税务机关申请代开时，依照税收法律、行政法规规定应当缴纳税款的，税务机关应当先征收税款，再开具增值税专用发票。

小规模纳税人申请代开《税务机关代开统一发票》（国、地税）的，按现行规定办理。其中，涉及个体工商户和其他个人的，在起征点调整后规定如下：对经营额达不到本市税务机关确定的按次起征点的，只代开发票，不征税。但根据代开发票记录，属于同一申请代开发票的单位或个人，在一个纳税期内累计开票金额达到按月起征点的，应在达到起征点的当次一并计算征税。

按照国家税务总局2011年77号公告精神，小规模纳税人提供货物运输服务，接受方索取货运专用发票的，可向主管税务机关申请代开货物运输业增值税专用发票。申请代开货物运输业增值税专用发票比照代开增值税专用发票规定办理。